Facebook Twitter RSS Reset

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Bueno amigos como sabran, con la llegada de la impresora 3D comenzó la tercera revolución industrial, es la maquina que llegó para quedarse (cual si fuese una heladera, lavadora y/o horno de microondas) y sin dudas en el futuro habrá una en cada hogar, y todo lo que necesitemos pasará por ella…

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Seguramente saliste corriendo a comprarte una cuando se volvió medianamente accesible, y ahora no sabes que hacer con ella…

Y vos que pensabas que te ibas a hacer millonario imprimiendo boludeces de plastico… no papá! la posta esta en la medicina!

He leído que los mejores cirujanos del mundo imprimen un modelo a escala real del organo a operar, y planifica la cirugía con sus ayudantes antes de llevarla a cabo en el paciente.

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

O como hemos visto hace poco acá en taringa el caso de Lucianito (si mal no lo recuerdo) donde su papá fabricó el mismo una protesis para su bracito..

Imaginemos tambien adaptar estas tecnologias a las ecografias de los bebés.. cualquier señora paqueta querria exibir en su living room la pequeña escultura de su bebé en 3 dimensiones…

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Dicho todo esto te voy a señar un poco como podrias sacarle el jugo a tu impresora con este tutorial.

Especificamente voy a enseñarles como imprimir un cerebro con los datos extraídos de una tomografia computada, si el post tiene exito, voy a seguir con estos tutoriales…

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Los únicos costos que tendrá son el de la impresión 3D.

Que necesitas:

  • Los datos en bruto de una resonancia magnética de cerebro (scan T1, T2 pero quizás también funciona). Los archivos deben estar en formato NIfTI (.nii o .nii.gz) o en formato DICOM (.dcm o ninguna extensión de archivo). Estos son los formatos que manejan los tomógrafos por ejemplo. Esos son los que debemos solicitar a la clinica o medico con el cual trabajemos.

  • FreeSurfer: Podes usar la versión de VirtualBox para Windows. Y si usas Mac o Linux podes instalar FreeSurfer directamente a tu compu.

  • MeshLab: Para procesar y refinar la malla.

  • impresora 3D

Paso 1: Instalar VirtualBox y FreeSurfer (y convertir de DICOM a NIfTI)

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Instalar VirtualBox para “hosts de Windows x86 / amd64” de este enlace (~ 110 MB)

Descargar y extraer la imagen FreeSurfer Virtualbox (Xubuntu) desde aquí (~ 9 GB)

Siguí estas instrucciones para instalar FreeSurfer para VirtualBox. Recomiendo el uso de más memoria de la que consumen (como 2-4GB).

Tenes los archivos de la resonancia magnetica en formato DICOM pero si queres podes convertirlos a NIfTl para trabajar con mas comodidad usando la herramienta dcm2nii con el software MRIcron

(Si ya están en formato NIfTI, entonces podes saltearte este paso.)

  • Extraé los archivos y abri los dcm2niigui.exe

  • Hacé clic en “Archivo-> DICOM a NIfTI”

  • Seleccioná la carpeta con los archivos DICOM dentro y haga clic en “abrir”

  • El programa debe funcionar durante unos segundos

  • Dentro de la carpeta de DICOM que ahora debe haber uno o más archivos .nii.gz. En caso de duda sólo tenés que utilizar el más grande. Recomiendo cambiar el nombre a “brainscan.nii.gz” o algo asi para que sea más fácil encontrar y manejar.

NOTA: También puede utilizar DICOM archivos directamente en FreeSurfer, pero por simplicidad asumo que utilice archivos NIfTI.

Paso 2: Extraer el tejido cerebral utilizando FreeSurfer

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

La verdad es que la reconstrucción del tejido cerebral desde la imagen de resonancia magnética es una ciencia por sí sola. Lo que parece bastante fácil en realidad es una tarea computacionalmente exigente. Hay varios programas de diversa complejidad hacer el trabajo. La ventaja de FreeSurfer es, que se ejecuta sin establecer ningún parámetro. Esto hace que sea fácil de usar para las personas sin antecedentes neurociencia.

Para windows:

Abrí el VirtualBox e instalá la imagen FreeSurfer

Hacé clic en Dispositivo -> Insertar imagen Invitado Adición de CD

Doble click “autorun.sh”, e insertá la contraseña “FreeSurfer”

Reiniciá la máquina virtual

Exctraction del Cerebro

  • Arrastrá el archivo NIfTI (brainscan.nii.gz en mi caso) en el escritorio de la máquina virtual

  • Abrí una Terminal

  • Ahora escribí, recon-all -s mybrain -all -i /home/fsuser/Desktop/brainscan.nii.gz y pulse Enter, donde brainscan.nii.gz es el nombre de su archivo NIfTI.

  • Esperá a que el proceso finalice. Después de terminar dirá algo así como ” mybrain terminó sin errores”

Dependiendo de la velocidad de tu compu esto puede tardar hasta 2 días. Con una 4x3Ghz tardó 12 horas. Pero vale la pena a la hora de cobrar por el trabajo

Si deseas acelerar este proceso, es posible que evalues considerar la posibilidad de la máquina virtual más RAM y el uso de más CPU (puedes hacerlo en los ajustes de la máquina). Es necesario reiniciar la máquina virtual después de eso.

Si el proceso FreeSurfer se cancela o se bloquea es necesario utilizar un nombre de archivo diferente (mybrain2) o borrar la carpeta e intentarlo de nuevo.

Paso 3: Convertir el cerebro a .stl

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Ahora nuestro cerebro está en formato .pial, pero lo que necesitamos es .stl, Por suerte FreeSurfer incluye una herramienta para convertir los archivos.

Abrí una terminal nueva y escribí:

mris_convert /usr/local/freesurfer/subjects/mybrain/surf/rh.pial rh.stl

mris_convert /usr/local/freesurfer/subjects/mybrain/surf/lh.pial lh.stl

y por ultimo: xdg-open /usr/local/freesurfer/subjects/mybrain/surf/

Ahora trata de encontrar el rh.stl dos archivos y lh.stl y arrastrarlos a su sistema de Windows

Uno de ellos es el hemisferio derecho (rh.stl) hemisferio izquierdo (lh.stl).

Paso 4: Instale MeshLab y refinar la malla

Ahora podemos dejar la maquina virtual y volver al viejo y querido windows…

Solo hay que instalar el meshlab..

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Descarguate e instalá MeshLab desde sourceforge (~ 35 MB)

Ahora abrí el MeshLab e importá los archivos lh.stl y rh.stl (izquierdo y hemisferio derecho) a través de “Archivo” -> “Importar malla”. Sea cual sea el mensaje aparesca, simplemente hacé clic en Aceptar.

Hacé clic en “Filtros” -> “capa de malla” -> “Acoplar capas visibles” y aplicar.

Paso 5: 3D Imprime tu cerebro

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

Bueno, esto no necesita demasiada explicación! solo importalo en el sowfware de tu impresora y le das imprimir! tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

tenes una impresora 3d? llenate de plata con este post!

ESPERO QUE LES HAYA GUSTADO Y SI ES ASI QUE ME TIREN ALGUN QUE OTRO POUNTO QUE LES SOBRE.. SALUDOS MIS QUERIDOS LINCES NOS VEMOS EN EL PROXIMO POST!

No comments yet.

Leave a Comment